陇川县疾病预防控制中心共设12个科室。主要负责辖区内疾病预防控制具体工作的管理和落实，具体为辖区内疫苗使用管理，组织实施免疫、消毒、控制病媒生物的危害；突发公共卫生事件的监测调查与信息收集、报告，落实具体控制措施；开展病原微生物常规检验和常见污染物的检验；承担卫生行政部门委托的与卫生监督执法相关的检验检测任务；指导辖区内医疗卫生机构、城市社区卫生组织和农村乡(镇)卫生院开展卫生防病工作，考核和评价，对从事疾病预防控制相关工作的人员进行培训；负责疫情和公共卫生健康危害因素监测、报告，指导乡、村和有关部门收集、报告疫情；开展卫生宣传教育与健康促进活动，普及卫生防病知识；基本公共卫生服务，老、糖、高等慢性病的技术指导，结核病三位一体的管理和技术指导工作，居民健康档案管理；从业人员健康体检、农村饮用水监测、公共场所卫生监测、核酸检测；美沙酮维持治疗工作，对美沙酮服药点开展技术指导等工作。